Na úvod si řekněme, co to vlastně linie a liniová plemenitba je. Liniová plemenitba se v chovu používá ke zvýšení dědičné ustálenosti žádoucích znaků. Je vyšší formou čistokrevné plemenitby. V rámci plemene je zpravidla více linií charakteristických určitými typickými znaky. U jezdeckých koní to mohou být např. drezurní či skokové dispozice, u dostihových koní letounské či vytrvalostní vlohy atd. a případně vlastnosti charakterové, konstituční, atd. V chovu zpravidla chovná linie zaniká po 4 až 7 generacích a vznikají chovné linie nové. K dosažení většího chovného efektu se využívají i inbrední linie tvořené záměrně vyšlechtěnými jedinci příbuzenskou plemenitbou nebo plemenitba meziliniová při kombinaci dvou linií s odlišnými vlastnostmi, s cílem tyto vlastnosti u potomstva spojit. Zjednodušeně by se dalo říci, že linie jsou jakási "mikroplemena" uvnitř daného plemene.

V současnosti je v achaltekinské populaci zastoupeno 18 linií, ne všechny jsou ale rovnocenné. Dle statistiky chovných koní z r. 2000 je v současnosti nejrozšířenější linií Gelishikli (20,7%), následuje Kaplan (10,4%), Kir Sakar (8,7%), El (8,4%), Peren (7,0%), Arab (6,4%), Sere (6,3%), Fakirpelvan (6,0%), Karlavach (5,6%), Sovchoz 2 (3,4%), Ak Sakal a Skak (3,0%), Everdy Teleke a Posman (2,5%), Melekuš (2,3%), Toporbai (1,9%), Dor Bairam (1,1%) a Ak Belek (0,8%).

Z uvedeného schématu je patrné, že většina dnešních linií je odvozena od hřebce 2a Boinou (1885-1908). Boinou byl typický achaltekinec, spíše jemnějších linií a tvarů, s kohoutkovou výškou 153cm. Patřil k nejvýznamnějším dostihovým koním své doby (ač na oficiálním ašchabadském závodišti se dostihů nikdy nezúčastnil). Jeho potomstvo bylo také velmi typické a dosahovalo výborných výsledků na dráze.

Linie Sultan Guli nebyla ještě ve 20.letech příliš početně zastoupena. Nejvýznamnějším plemeníkem z této linie se stal hřebec 220 Slučaj. Slučaj byl hřebec v dobře vyjádřeném typu achalteke, se šavlovitým postojem zadních nohou a strmými spěnkami. Nejlepší potomstvo dával ve spojení s dcerami Kara Kunona I, Ag Išana, Dor Bairama a Bek Nazar Ala. Z jeho potomstva se nejvíce prosadili 323 Baskak, 429 Kara Sur, Kenes, 454 Košpeli a konečně 629 Fakir Sulu. Vyjma posledního zmíněného hřebce se potomstvo ostatních v přímé mužské linii nezachovalo a "odešlo do mateřských stád". 629 Fakir Sulu, hnědák, narozený 1935, inbrední II-IV na Bek Nazar Ala, působil 8 let v Džambulském hřebčíně a 6 let v Ašchabadském hřebčíně. Byl to poměrně vysoký, efektní hřebec ve výborném typu, ale slabší konstituce. Jeho potomstvo obvykle tuto slabší konstituci dědilo, společně s nepříliš jasně vyjádřeným pohlavním výrazem. Někteří z potomků trpěli výraznými vadami, a to zejména slepotou obou očí, křivostí končetin, předkusem. Na druhou stranu dal vynikající, elitní hřebce, a to 790 Safjan, 697 Gelišikli a 828 Fakirpelvan. Poslední dva pak založili vlastní linie.

Krev hřebce Čopal Kel byla zachována díky hřebci Kurt Bai bílý a jeho synovi Kurt Bai vranému a dále hřebci Ak Sakal. Kurt Bai vraný měl delší, měkčí hřbet a šavlovitý postoj zadních nohou. Ve spojení s klisnou Inglis Kurro, vnučkou Dovlet Išana, dal zakladatele vlastní linie, hřebce Dor Bairam. Hřebec Ak Sakal dal s klisnou Ilyas syna stejného jména, 13 Ak Sakal, pozdějšího účastníka pochodu z Ašchabadu do Moskvy a zakladatele vlastní linie. Další sublinie odvozené z krve Čopar Kela, a to sublinie Dordža Depel a Durno, se nikdy neprosadily a z plemenných knih záhy vymizely.

Linie Niderbai někdy nazývaná také linie Voron, se dnešních dnů také nedožila. Voron se narodil v r. 1898 a v r. 1902 byl zakoupen do Ašchabadského hřebčína, kde působil až do roku 1917. Jeho potomstvo bylo vysoké, silné, s pevnou kostrou, avšak rychlostí nevynikalo. Jediným hřebcem, který se na dráze prosadil, byl vnuk Vorona, syn hřebce Movljan Baj, vraník Kara Kunon I. Rychlostní schopnosti ovšem pravděpodobně zdědil po dědovi z mateřské strany, anglickém plnokrevníkovi Fortingbrass. Kara Kunon I v Turkmenistánu dlouho nepobyl a v r. 1926, jako devítiletý, byl prodán na Severní Kavkaz. V Turkmenistánu však zanechal poměrně početné potomstvo, které vynikalo korektním exteriérem, avšak ne vždy "tekinským" typem. U některých z jeho dětí se objevovaly strmé spěnky na zadních končetinách. Z jeho potomků se ve své době nejvíce prosadili hřebci Karasj a Kara Kunon III a dcery Tejli, Sakar Kuš a zejména Bejfid, kterou známe jako matku plemeníka Kizyla (l.Everdy Teleke).

Linie Gečeli, založená stejnojmenným hřebcem, který na sebe upoutal pozornost na Kyjevské výstavě v r. 1913, se současnosti také nedožila. Gečeli byl velký, kostnatý hřebec v dobrém typu. Posledním potomkem v přímé mužské linii byl hřebec 339 Birgut, vraník, nar.1944, který po sobě zanechal dceru 1285 Majka a ta následně dvě dcery, které ovšem nikdy do chovu zařazeny nebyly.